평범한 고교생인 야가미 라이토 그는 전국에서 알아 주는 우수한 성적을 가디고 있지만 매일 똑같은 하루에 지루함을 느끼곤한다.
 그러던 어느날 하늘에서 검은 노트가 라이토 앞에 떨어진다 그 노트는 사신계에서 떨어진 죽음의 노트 그 노트에 이름이 적힌 자는 반드시 죽게 되는 노트인 데스노트였다.
 라이토는 데스노트를 이용해 세상의 신이 되겠다는 계획을 세우고 노트의 주인인 류크와 함께 데스노트를 이용해 세상의 범죄자들을 차례차례 죽여나가지만 이런 사건이 하나 둘씩 터지자 각 국가의 경찰들은 비상 사태를 맞는데 그리하여 그들이 내린결론은 탐정 L을 고용 이사건의 진범을 찾아내기로 결론 짓는다.
 그리고 지금부터 라이토와 L의 밀고 당기는 추리 게임이 시작되는데.
 이세상은 썩었다.
그렇게 생각하면서도 차마 세상을 바꾸지 못해 겉으로는 어디까지나 전국 1등의 착실한 학생으로살아가는 고교생 야가미 라이토는 자신의 뜻대로 굴러가지 않는 세상에 미칠듯한 따분함을 느끼고 있었다.
 그러던 어느 날 우연히 한 권의 노트를 줍게 되는데 그것은 인간계로 건너온 사신 류크가 떨어뜨린 데스노트로 그것에이름이 적힌 자는 반드시 죽게 된다는 죽음의 노트였다.
 라이토는 데스노트를 이용해 세계를 뜻대로 바꾸고 새 시대의 신이 되겠다는 야심을 품게 된다.
 사신 류크와 함께 라이토는세계의 범죄자를 계획적으로 없애 나가지만 경찰 측은 그것을 한 사람이 행한 연쇄 살인으로 단정짓고 세계 최고의 탐정이라는 L을 고용하여 진범을 찾게 된다.
 키라 라는 가명으로서의 라이토와 L은 서로가 모르는 곳에서 서로를 정의라 주장하며 서로를 잡기 위한 두뇌 추리 싸움을 벌이게 된다.
 약을 모두 쓸어 없애는 것으로 새 시대를 만들고자 하는 자신의 생각이 정의라는 키라와 키라의 생각은 미친 대량 살인에 불과하다는 L의 입장 중 어는 것이 정의인지에 대한 의견조차 분분히 갈린다.
 그런 와중에 아마네 미사라는 제 2의 키라가 등장하며 라이토와 L의 두뇌 싸움도 결말을 맺지만.
 데스노트를 사이에 둔 두뇌 싸움은 또 다른 형태로 여전히 이어지는데.