초능력 개발을 정규 수업 과정에 포함시키고 있으며 230만 인구의 80%가 학생인 과학의 집결지 학원도시.
이 도시의 모든 학생은 능력의 레벨에 따라 레벨 0(무능력자)부터 레벨 5(초능력자)까지 분류된다.
학원도시에서 7명밖에 존재하지 않는 레벨 5 중 No.3인 통칭『레일건』(초전자포) 미사카 미코토는
학원도시의 사건들과 이면의 어두운 부조리에 맞서 싸운다.