1000년 전, 태양계를 멸망시킨 가우나와 100년 만에 다시 조우한 인류.
거대 향해선이자 인류 최후의 보금자리인 시도니아를 지키기 위한 인류는 다시 그들에 맞서 싸울 것을 결심한다.
 할아버지의 죽음을 계기로 상층부에 올라와 모리토 조종사가 된 나가테는 그 재능을 발휘하며 수차례 시도니아를 위기로부터 구해낸다.
그리고 그러한 나가테 앞에 지금까지와는 완전히 다른 형태의 가우나가 모습을 드러냈다